საქართველოს ეროვნული ბოტანიკური ბაღი აქტიურადაა ჩართული მცენარეთა დაცვის მეტად საჭირო საქმეში. ამისათვის ბაღში ფუნქციონირებს მცენარეთა დაცვისა და ნიადაგმცოდნეობის ლაბორატორია, რომელიც უზრუნველყოფს მცენარეთა მავნებელ-დაავადებების გამოვლენას და მათთან ბრძოლის ეფექტური მეთოდებისა და საშუალებების კონკრეტული ღონისძიებების შემუშავებას. ატარებს პროფილაქტიკურ საველე ღონისძიებებს, იკვლევს ბოტანიკური ბაღის და მის მოსაზღვრე ტერიტორიებზე მავნებლებისა და დაავადებების გავრცელების საშიშროებას.
სხვადასხვა დაავადებებისა და მავნებლების გავრცელების პრევენციის მიზნით, ახდენს კოლექციის, დახურული გრუნტის კოლექციის, სანერგე მეურნეობისა და თესლთა გაცვლითი ფონდის ფიტოსანიტარულ ზედამხედველობას, და ამზადებს სათანადო ცნობებს, წინადადებებსა და რეკომენდაციებს.
