მცენარეთა კონსერვაციის განყოფილების ძირითადი ფუნქციებია: ამიერკავკასიის ეკორეგიონში, განსა-კუთრებით საქართველოში არსებული მცენარეთა სახეობების მეცნიერული კვლევა, მათი დაცვისა და კონსერვაციისათვის საჭირო ღონისძიებების გატარება, მცენარეთა კონსერვაციასთან და ბიომრავალფე-როვნების დაცვასთან დაკავშირებული წინადადებების მომზადება, სამეცნიერო კვლევების დაგეგმვა, შესაბამისი სამეცნიერო-კვლევითი სამუშაოების წარმართვა;
მცენარეთა კონსერვაციის განყოფილება ახდენს ბოტანიკურ ბაღში კონსერვაციას დაქვემდებარებული სახეობების კოლექციის თავმოყრას და სამეცნიერო, საგანმანათლებლო და შემეცნებითი მიზნებისათვის მათი გამოყენების უზრუნველყოფას, ასევე მაღალი საკონსერვაციო ღირებულების ეკოსისტემების დაცვისა და ბიომრავალფეროვნების გრძელვადიანი კონსერვაციის უზრუნველყოფის მიზნით კონკრეტული სამეცნიერო პროექტების განხორციელება და პრაქტიკული ღონისძიებების გატარება.
თანამედროვე ბოტანიკური ნომენკლატურის შესა-ბამისად მცენარეთა კონსერვაციის განყოფილება უზრუნველყოფს მისი ზედამხედველობის ქვეშ არსებულ მცენარეთა კოლექციის მოვლას, მის კონტროლსა და მეცნიერულ აღრიცხვიანობას. ამასთანავე ახორ-ციელებს ბოტანიკური ბაღის მიერ საერთაშორისო საგრანტო ხელშეკრულებებით აღებული ვალდებულებების შესრულებასთან დაკავშირებულ ღონისძიებებს.
კოლექციის გამდიდრებისა და ბიომრავალფეროვნების შესწავლის მიზნით ეწყობა გასვლით საველე ღონისძიებები, ხოლო შემდგომ განყოფილება თესლის გაცვლის საერთაშორისო ფონდს გადასცემს საქართველოსა და კავკასიის მცენარეთა თესლებს.
მცენარეთა კონსერვაციის განყოფილება, რომლის ხელმძღვანელია ბიოლოგიის მეცნიერებათა აკადემიური დოქტორი ცირა ფანცულაია, ზედამხედველობას უწევს ბაღში არსებულ კავკასიის რეგიონულ თესლის ბანკს, სადაც ხდება კოლექციის აღრიცხვა, დაცვა და მონიტორინგი. თესლის ბანკი საერთაშორისო აპრობირებული ტექნოლოგიური პროცედურებისა და სტანდარტების დაცვით ბოტანიკური ბაღისა და პარტნიორი ორგანიზაციების მიერ საველე სამუშაოების შედეგად შეგროვილი და შესანახად შემოტანილი მცენარეთა თესლის წმენდას, გამოშრობას, ხარისხის შემოწმებას და დოკუმენტირებას ახორციელებს.
