საპარკე სივრცე სამი ერთმანეთისგან დამოუკიდებელი ნაწილით არის წარმოდგენილი. პირველი ნაწილი, ე.წ. ქვედა საპარკე სივრცე (#05), მდებარეობს ბაღის აღმოსავალეთ ნაწილში, ცენტრალური შემოსასვლელის სიახლოვეს, მდინარე წავკისისწყლის მარჯვენა ნაპირზე. იგი გაშენებულია ხარფუხის მიდამოებიდან (მირზა შაფის ქუჩის შესასვლელიდან) ტროპიკულ მცენარეთა ორანჟერეამდე, ასევე მოიცავს კვიპაროსების ხეივანს და მის გასწვრივ მდებარე მდინარისპირა ფერდობს. საპარკე სივრცის ეს ნაწილი 1925 წლიდან ბაღის შემადგენლობაშია. დღეისათვის აქ წარმოდგენილია ისეთი მნიშვნელოვანი საბაღე ელემენტები, როგორიცაა იაპონური ბაღი, ღია სადღესასწაულო სივრცე, დეკორატიულ-ბალახოვან მცენარეთა სკვერი, კვიპაროსების ხეივანი. ცენტრალური გზის გასწვრივ გაშენებულია ზეთისხილების ჯგუფი და მუხების კოლექცია. ქვედა საპარკე სივრცის განსაკუთრებულ ნაწილს წარმოადგენს კვიპაროსის ულამაზესი ხეივანი, რომელიც სავარაუდოდ გასული საუკუნის 20-იან წლებში გაშენდა, კვიპაროსების ხეივნით საპარკე სივრცე დაკავშირებულია ჩანჩქერის მიმდებარე ტერიტორიასთან და ცენტრალურ პარკთან. ბოტანიკური ბაღის მესამე საპარკე სივრცე მდებარეობს ბაღის დასავლეთ ნაწილში და მეტწილად გაშენებულია 1898 წელს მიწათმფლობელ გურგენბეკოვისგან შესყიდული 22 ჰა მიწის ფართობზე. საპარკე სივრცის ტერიტორია ემიჯნება სანერგე მეურნეობას, აღმოსავლეთ საქართველოს ფართოფოთლოვანი ხეებისა და ბუჩქების კოლექციასა და ნათელ ტყეს, იგი მოიცავს XX საუკუნის 50-იან წლებში გაშენებული კედრებისა და ფიჭვების ძვირფას კორომებს, მდინარისპირა ხეობას და ვრცელდება მდინარე წავკისისწყლის მარცხენა სანაპიროზე, რომელიც ბოტანიკური ბაღის მიერ 1903 წელსაა შეძენილი და წარმოადგენს გაბაშვილის ყოფილი მამულს.
საპარკე სივრცის ფერდობებზე ბუნებრივად იზრდება: ქართული ცხრატყავა - Lonicera iberica, ჩვეულებრივი გრაკლა - Spiraea hypericifolia, თუთუბო - Rhus coriaria, ჩვეულებრივი კვიდო - Ligustrum vulgare, შინდანწლა - Swida australis, წითელი ნუსხის მცენარეები: შიშველი აკაკი - Celtis glabrata და კავკასიური აკაკი - Celtis caucasica.
საპარკე სივრცეში გამავალი ცენტრალური გზის მდინარისპირა ნაწილში არსებულ ბორცვზე 2016 წელს დაირგო მაღალდეკორატიული ხემცენარეების სახეობა და კულტივარები: წითელი ნეკერჩხალი - Acer platanoides ‘Crimpson Centris”, ალბიცია - Albizzia julibrissin, ლეგა მტირალა ფორმის ატლასის კედარი - Cedrus atlantica ‘Glauca Pendula’, ირმის რქა - Lagerstroemia indica, მარადმწვანე ჩხვლეტია ფშატი - Elaeagnus pungens ‘Maculata Aurea’, ჩხვლეტია ნაძვი - Picea pungens ‘Hoopsii’), მტირალა სოფორა - Styphnolobium japonicum ‘Pendula’, ღვია- Juniperus x media ‘Mint Julep’, მარადმწვანე ძახველი - Viburnum tinus, არიზონიის კვიპაროსი - Cupressus arisonica, ჰიმალაის ფიჭვი - Pinus wallichiana, ტუია - Thuja occidentalis ‘Spiralis’, მარადმწვანე კვიპაროსი - Cupressus sempervirens, უთხოვარი - Taxus baccata f. pyramidalis, მშვენიერი იუკა - Jucca gloriosa და ჩხვლეტია ფშატი - Elaeagnus pungens. შედარებით ახალი დარგულია აზალიები - Azalie და ზეთისხილის ნერგები - Olea europaea.
საპარკე სივრცეში მდინარე წავკისიწყლის მარცხენა ნაპირზე იზრდება სამი სახეობის ვერხვი: თეთრი ვერხვი - Populus alba, ხვალო - Populus x canescens და შავი ვერხვი - Populus nigra. ასევე, თეთრი ტირიფი - Salix alba, მტირალა ტირიფი - Salix babylonica, ცრუაკაცია - Robinia pseudoacacia. რაც შეეხება კოჯრის გზატკეცილის მომიჯნავე ფერდობს აქ ძირითადად გავრცელებულია ქართული ცხრატყავა - Lonicera iberica, კავკასიური აკაკი - Celtis caucasica, ძეძვი - Paliurus spina-christi, ბუჩქისებრი ჟასმინი - Jasminum fruticans, ჯორისძუა - Ephedra procera და სხვ.