ეკოლოგიური განათლების განყოფილების ორგანიზებით ხორცილედება ბოტანიკური ბაღის სა-განმანათლებლო პროექტები და აქტივობები ბავშვების, მოსწავლეების, სტუდენტებისა და სხვადასხვა ასაკის მოქალაქეთათვის. იქმენება ახალი საგანმანათლებლო პროგრამები, ტარდება შემეცნებითი ხასიათის ექსკურსიები, სემინარები და შეხვედრები. იგეგმება შემეცნებითი ხასიათის კონკურსები, რომლის მიზანია, ახალგაზრდების მიერ საქართველოს ფლორის შესწავლისა და პოპულარიზაციის ხელშეწყობა, საქართველოში გავრცელებული მცენარეულობის აღწერა-დოკუმენტირებაში დაინტერესებული საზოგადოების ჩართვა და სხვა.